Human Rights Watch accuse l’armée malienne « d’exactions » et de « meurtres extra-judiciaires » au cours d’opérations militaires en 2016, notamment au Centre du pays. Ces victimes sont « soupçonnées de soutenir les groupes djihadistes ». L’armée malienne dit prendre acte de ce rapport, mais rappelle toutefois que les militaires agissent « avec professionnalisme » sur le théâtre des opérations. Pour certains observateurs, « il faut prendre avec prudence ces rapports sur l’armée, sans toutefois les rejeter ».

Le rapport concerne le Mali et le Burkina Faso. Les deux pays sont accusés de « violations graves des droits humains ». Selon Human Rights Watch, « les abus se sont produits entre la fin 2016 et juillet 2017 lors d'opérations dans la région de Mopti et dans une moindre mesure, dans la région de Ségou ».
« À plusieurs reprises, les forces maliennes ont fait subir des brutalités, des brûlures et des menaces à des dizaines d'hommes accusés de soutenir les groupes armés islamistes », accuse l’organisation de défense des droits de l’Homme, qui dit avoir « documenté 27 cas de disparition forcée, dans lesquels le gouvernement malien n'a fourni aucune information aux familles sur leurs proches ».

Human Rights Watch, affirme aussi documenter « l'existence de trois fosses communes qui auraient contenu les cadavres d'au moins 14 hommes ». Selon elle, ces individus auraient été « exécutés après avoir été détenus depuis décembre par des militaires maliens ».
Le rapport note que l’organisation a « interrogé 48 victimes d'abus et témoins, ainsi que des responsables des communautés ethniques Peul, Dogon et Bambara, d'anciens détenus, des agents du gouvernement local, des membres des services de sécurité et du système judiciaire; et des diplomates étrangers ».
L’armée malienne dit prendre acte de ce rapport, mais rappelle toutefois que les militaires agissent « avec professionnalisme » sur le théâtre des opérations. Les autorités militaires attendent de Human Rights Watch « des preuves irréfutables » des accusations ainsi révélées.
Le colonel Diarran Koné, Directeur de l’information et des relations publiques des armées :

Pour certains observateurs, il faut prendre avec prudence ces rapports sur l’armée, sans toutefois les rejeter. Selon eux, ces documents méritent d’être approfondis pour servir de pièces à conviction. Ces observateurs rappellent également le caractère « complexe » de l’action des militaires sur le théâtre des opérations dans un contexte de lutte contre le terrorisme.
Ibrahim Maïga, chercheur à l’Institut d’Etudes de Sécurité :